Der er rig mulighed for at opleve Saltholms vilde natur. Her er dog nogle vigtige begrænsninger af hensyn til fredningsloven, som skal sikre fuglene i yngletiden.

Den nordlige del af øen, det grønne område, må man gå hele året.

Den midterste del, det gule felt, er der tidsbegrænset besøg og må man gå her 16. juli til 31. marts. Linien er afmærket med hegn startende ved Holmegården og går tværs over øen.

Den sydlige del, markeret med rød, er fredet område og her er ingen adgang. Her er også hegn tværs over øen.